心理咨询师证书发放机构是指负责管理和发放心理咨询师职业资格证书的政府部门或相关机构，在中国，心理咨询师证书发放主要由以下几个部门负责：

1、人力资源和社会保障部(简称人社部):人社部是中华人民共和国政府的一个部门，主要负责制定和实施国家就业、社会保障、人事管理等方面的政策和法规，人社部下属的职业技能鉴定中心负责全国范围内的职业技能鉴定工作，包括心理咨询师职业资格认证。

2、卫生健康委员会(简称卫健委):卫健委是中华人民共和国政府的一个部门，主要负责制定和实施国家卫生健康政策、法律法规，以及卫生保健工作，卫健委下属的心理健康教育与咨询中心负责全国范围内的心理健康教育与咨询服务，包括心理咨询师培训和资质认证。

3、教育部：教育部是中华人民共和国政府的一个部门，主要负责制定和实施国家教育政策、法律法规，以及教育工作，教育部下属的教育培训机构负责全国范围内的教育培训工作，包括心理咨询师培训课程设置和教学活动组织。

4、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)或卫生健康委员会：各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)或卫生健康委员会作为地方政府的职能部门，负责本辖区内的心理咨询师职业资格认证工作，这些部门会与人社部、卫健委等中央部门密切合作，共同推动心理咨询师职业资格证书的发放和管理。

5、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会是一个全国性的专业性社会组织，成立于1989年，协会的主要职责是推动心理健康事业的发展，加强心理健康服务体系建设，提高心理健康水平，协会下设的各级心理咨询师专业委员会负责组织和开展心理咨询师的培训、考核和资质认证工作。

心理咨询师证书发放机构是由多个政府部门和相关机构共同参与的工作，涉及人力资源和社会保障、卫生健康、教育等多个领域，这些部门和机构通力合作，共同为社会提供专业、规范的心理咨询服务，推动心理咨询行业的发展。