高级农艺师证书发证机关是指在农业领域具有权威性的、负责对高级农艺师进行认证和颁发证书的政府部门或机构，在中国，高级农艺师证书的发证机关主要由国家农业农村部、各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)以及相关行业协会等组成。
国家农业农村部是高级农艺师证书的主要发证机关之一，农业农村部负责制定高级农艺师的培养、考核和评价标准，组织开展高级农艺师的培训和考试工作，对合格的高级农艺师进行颁发证书，农业农村部还负责对高级农艺师的管理和服务，确保高级农艺师在农业领域的专业水平和职业道德得到充分体现。
各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)也是高级农艺师证书的重要发证机关，各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)在国家农业农村部的指导下，负责本地区的高级农艺师培训、考核和评价工作，对合格的高级农艺师进行颁发证书，各级农业农村厅(局)还负责对本地区高级农艺师的管理和服务，推动高级农艺师在农业生产和农村经济发展中发挥更大的作用。
相关行业协会也是高级农艺师证书的发证机关之一，在中国，有许多专门从事农业技术研究、推广和服务的协会和组织，如中国农业科学院、中国农业大学、中国农业技术推广协会等，这些协会和组织在国家农业农村部的支持下，负责组织高级农艺师的培训和考试工作，对合格的高级农艺师进行颁发证书，这些协会和组织还通过开展各类学术交流和技术合作活动，推动高级农艺师的专业水平和综合素质得到提升。
高级农艺师证书发证机关是一个涉及多个部门和机构的体系，包括国家农业农村部、各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)以及相关行业协会等，这些发证机关共同负责高级农艺师的培养、考核、评价和颁发工作，确保高级农艺师在农业领域的专业水平和职业道德得到充分体现，为我国农业现代化建设和农村经济发展做出更大贡献。