根据我所查到的信息，中科院心理咨询师证书考试共分为两个阶段：第一阶段是理论知识考试，第二阶段是实践技能考试。

具体来说，理论知识考试包括心理学基础知识、心理咨询基础、心理健康教育基础、心理测量与评估基础等方面；实践技能考试则包括咨询技巧和案例分析等方面。