健康管理师证书分为两种，一种是国家职业资格证书，另一种是职业技能等级证书。 国家职业资格证书是由人社部颁发的，具有全国通用性，可以在全国各地使用，而职业技能等级证书是由各省市人社局颁发的，只在本省或本市使用。

根据不同的认证机构和认证标准，健康管理师证书还可以分为多种类型，由中国卫生人才网颁发的健康管理师证书、由中华医学会颁发的健康管理师证书、由国际卫生保健协会颁发的健康管理师证书等等。