心理咨询师证书发证机关是指负责颁发心理咨询师资格证书的政府部门或专门机构，在中国，心理咨询师证书发证机关主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同负责，还有一些行业协会和专业机构也负责心理咨询师证书的发放工作。
国家卫生健康委员会是心理咨询师证书的主要发证机关，负责制定心理咨询师职业标准、培训大纲和考试大纲，组织全国性的心理咨询师资格考试，根据《中华人民共和国国家标准》(GB/T 38796-2020),心理咨询师是指具备心理学、教育学、医学等专业知识，经过专业培训并取得相应资格证书，从事心理健康咨询、评估和治疗工作的专业技术人员。
各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的指导下，负责本地区的心理咨询师管理工作，各级卫生健康委员会设立心理咨询师管理机构，负责本地区心理咨询师资格证书的审核、发放和监督管理，各级卫生健康委员会还组织开展心理咨询师的培训和考核工作，确保心理咨询师队伍的专业性和素质。
除了国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会外，一些行业协会和专业机构也承担着心理咨询师证书的发放工作，中国心理卫生协会(CPA)是一个全国性的专业性社会组织，负责组织和管理心理咨询师的培训、考核和资质认证工作，还有一些地方性的心理咨询师协会和专业机构，如北京心理卫生协会、上海心理卫生中心等，也在各自区域内开展心理咨询师证书的发放工作。
心理咨询师证书发证机关是由国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同负责的，同时也有行业协会和专业机构参与，这些机构共同确保心理咨询师队伍的专业性和素质，为广大民众提供优质的心理健康服务。