在回答这个问题之前，我们需要先了解一下康复理疗师证的相关内容，康复理疗师证是一种专业资格证书，主要用于证明持有者具备一定的康复理疗知识和技能，康复理疗师主要为患者提供各种康复治疗服务，如运动疗法、物理疗法、作业疗法等，以帮助患者恢复或提高生活、工作能力。
关于康复理疗师在店内是否可以扎针，这需要分情况讨论，我们要明确的是，针灸是中医学的一种治疗方法，主要通过刺激特定的腧穴来调节人体的气血、阴阳平衡，从而达到治疗疾病的目的，而康复理疗师主要从事的是现代康复治疗技术，如物理疗法、运动疗法等，与针灸治疗并无直接关系。
在某些情况下，康复理疗师可能会接触到一些针灸相关的技术和设备，例如超声波治疗仪、电针治疗仪等，这些设备在一定程度上可以模拟针灸的效果，但它们与传统针灸有着本质的区别，从这个角度来看，康复理疗师在店内使用这些设备进行辅助治疗是可以的，但他们仍然不能替代专业的中医师进行针灸治疗。
根据中国卫生健康委员会发布的《关于规范民间中医医疗活动的通知》，非医疗卫生人员不得开展针灸诊疗活动，也就是说，康复理疗师在没有取得相应资质的情况下，是不能在店内进行针灸治疗的，如果康复理疗师想要开展针灸治疗业务，他们需要参加专门的培训课程，考取中医针灸师资格证书，并在取得资质后才能在店内提供针灸治疗服务。
康复理疗师在店内是否可以扎针，需要根据具体情况来判断，如果只是使用一些辅助设备进行现代康复治疗，那么是可以的；但如果涉及到传统的针灸治疗，那么他们需要取得中医针灸师资格证书才能提供相关服务，为了保障患者的权益和安全，非医疗卫生人员是不能在店内开展针灸诊疗活动的。