三级心理咨询师证书颁发机构是指负责对符合三级心理咨询师职业资格要求的人员进行资格认证，并发放相应证书的组织或单位，在中国，三级心理咨询师证书颁发机构主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)及其下属的职业技能鉴定指导中心、各省市卫生健康委员会等单位承担。
国家卫生健康委员会(原卫生部)是三级心理咨询师证书颁发机构的核心部门，自2017年起，原国家卫生计生委更名为国家卫生健康委员会，负责全国范围内的卫生健康工作，国家卫生健康委员会下设职业技能鉴定指导中心，负责全国范围内的职业技能鉴定工作，包括心理咨询师职业资格认证。
各省市卫生健康委员会也是三级心理咨询师证书颁发机构的重要部分，根据国家卫生健康委员会的授权，各省市卫生健康委员会负责本辖区内的心理咨询师职业资格认证工作，各级卫生健康委员会会与职业技能鉴定指导中心密切合作，共同完成对符合条件的心理咨询师的资格认证和证书发放工作。
在实际操作中，申请三级心理咨询师证书的人员需要先参加由职业技能鉴定指导中心组织的培训课程，学习相关理论知识和技能，培训结束后，申请人需提交相关材料，经过考试和考核合格后，方可获得三级心理咨询师证书，证书上会注明颁发机构为国家卫生健康委员会或各省市卫生健康委员会。
还有一些专门从事心理咨询师培训和认证工作的机构，如中国心理卫生协会、各大高校的心理咨询中心等，也可以作为三级心理咨询师证书颁发机构，这些机构会与中国心理卫生协会等权威部门合作，共同推动心理咨询师职业发展。
三级心理咨询师证书颁发机构主要包括国家卫生健康委员会及其下属的职业技能鉴定指导中心、各省市卫生健康委员会等单位，这些机构致力于推动心理咨询师职业发展，提高心理咨询服务水平，为广大人民群众提供专业、优质的心理健康服务。