运动康复师证发证机构主要分为两大类：政府部门和专业机构，在这两类机构中，又分别包括不同的部门和组织，以下是具体的介绍：
1、国家卫生健康委员会
国家卫生健康委员会(简称国家卫健委)是中华人民共和国国务院组成部门，主要负责全国卫生健康工作的管理和监督，国家卫健委下设多个局和司，其中包括体育卫生与健康促进司，负责全国范围内的体育卫生和健康促进工作，在这方面，国家卫健委会对运动康复师的培训、考核和发证等环节进行监管。
2、国家体育总局
国家体育总局(简称国家体总)是中华人民共和国国务院组成部门，主要负责全国体育事业的管理和监督，国家体总下设多个局和司，其中包括竞技体育司和群众体育司，分别负责全国范围内的竞技体育和群众体育工作，虽然运动康复师的主要职责并非在竞技体育领域，但在群众体育中，运动康复师的作用越来越受到重视，国家体总也可能会对运动康复师的发展和管理提供一定的支持。
3、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会
各省、自治区、直辖市卫生健康委员会作为地方政府的职能部门，负责本行政区域内的卫生健康工作，在这方面，各地卫生健康委员会会根据本地的实际需求，对运动康复师的培训、考核和发证等环节进行监管，各地卫生健康委员会还会与其他政府部门、专业机构和社会组织合作，共同推动运动康复师的发展。
1、中国康复医学会
中国康复医学会(简称CCMS)是中国唯一的全国性康复医学专业学术组织，成立于1984年，CCMS下设多个专业委员会，其中包括运动康复专业委员会，作为专业的康复医学组织，CCMS对运动康复师的培训、考核和发证等环节具有一定的权威性，CCMS还会定期举办各类学术活动，为运动康复师提供交流和学习的平台。
2、中国残疾人联合会
中国残疾人联合会(简称残联)是中华人民共和国国务院领导下的全国性残疾人事业领导机构，残联下设多个专门委员会，其中包括残疾人体育运动委员会，作为残疾人事业的重要组成部分，残联也会关注运动康复师的发展，并在一定程度上对其进行管理和指导。
3、其他专业培训机构
除了政府部门和专业机构外，还有一些其他的专业培训机构也提供运动康复师的培训课程，这些机构通常具有一定的行业背景和教学经验，能够为学员提供系统的理论知识和实践技能，在选择培训机构时，学员需要注意了解其资质和教学质量，以确保所获得的证书具有权威性和价值。
运动康复师证发证机构主要包括政府部门和专业机构两大类，在这两类机构中，又分别包括不同的部门和组织，为了获得有效的运动康复师证书，学员需要在这些机构中参加相应的培训课程，并通过考核，政府部门和专业机构也会对运动康复师的发展和管理提供支持和指导。