中医针灸理疗师证书的颁发机构有很多，其中包括中国中医科学院、中国中医药教育协会、国家中医药管理局、中国康复医学会、中国中西医结合学会、中国针灸学会等，这些机构都是经过国家认证的权威机构，可以保证中医针灸理疗师证书的合法性和权威性。