心理咨询师证书发放机构是指负责管理和监督心理咨询师职业资格认证的政府部门或相关机构，在中国，心理咨询师证书发放机构主要由以下几个部门管理：
1、人力资源和社会保障部(简称人社部):人社部是负责制定和实施心理咨询师职业资格认证政策的国家部门，根据《心理咨询师职业资格考试办法》，人社部负责组织和实施心理咨询师职业资格考试，对考试成绩进行审核和颁发证书，人社部还负责对心理咨询师职业资格认证工作进行监督和管理，确保认证工作的公正、公平和规范。
2、国家卫生健康委员会(简称卫健委):卫健委是负责制定和实施心理健康政策的国家部门，根据《中华人民共和国心理健康法》，卫健委负责指导和监督心理健康服务的发展，包括心理咨询服务，在心理咨询师证书发放方面，卫健委与人社部密切合作，共同推动心理咨询师职业资格认证工作的发展。
3、中国科学院心理研究所(简称心理所):心理所是中国心理学研究的重要机构，负责开展心理咨询领域的研究工作，在心理咨询师证书发放方面，心理所作为专业的心理学研究机构，为心理咨询师职业资格认证提供科学、严谨的评估标准和培训体系。
4、中国心理学会(简称心理学会):心理学会是中国心理学界的学术组织，负责组织和推动心理学领域的学术交流和研究工作，在心理咨询师证书发放方面，心理学会与人社部、卫健委等相关部门密切合作，共同推动心理咨询师职业资格认证工作的规范化和专业化。
5、其他相关部门：除了上述部门外，还有一些地方性的人力资源和社会保障局、卫生健康委员会等政府部门也参与到心理咨询师证书发放的工作当中，这些部门根据国家和地方的政策法规，负责在本行政区域内组织实施心理咨询师职业资格认证工作，为获得证书的心理咨询师提供相应的服务和支持。
心理咨询师证书发放机构的管理工作涉及多个部门，包括人力资源和社会保障部、国家卫生健康委员会、中国科学院心理研究所、中国心理学会等，这些部门共同协作，确保心理咨询师职业资格认证工作的顺利进行，为社会提供高质量的心理咨询服务。