心理咨询师证书发放机构通常是由国家卫生健康委员会、人力资源和社会保障部等政府部门共同负责的，这些部门会根据国家相关政策和法规，对申请颁发心理咨询师证书的人员进行资格审核、培训和考核，确保心理咨询师具备一定的专业知识和技能，能够为社会提供专业、高效的心理咨询服务。
国家卫生健康委员会是心理咨询师证书发放的主要部门之一，该委员会负责制定和发布心理咨询行业的政策法规，对心理咨询行业进行监管，确保心理咨询师的专业素质和职业道德，在国家卫生健康委员会的指导下，各级卫生行政部门负责具体实施心理咨询师证书的发放工作。
人力资源和社会保障部也会参与心理咨询师证书的发放工作，人力资源和社会保障部负责制定和执行职业资格证书制度，对从事心理咨询工作的人员进行职业资格认证，在人力资源和社会保障部的指导下，各级人力资源社会保障部门负责具体实施心理咨询师证书的发放工作。
还有一些专门从事心理咨询师培训和考核的机构，如中国心理卫生协会、中国心理学会等，这些机构会根据国家相关政策和法规，组织专业的培训课程和考试，对参加培训和考试的人员进行资格审核，确保他们具备从事心理咨询工作的基本条件，在完成培训和考试后，这些机构会向通过考核的人员发放心理咨询师证书。
心理咨询师证书发放机构主要包括国家卫生健康委员会、人力资源和社会保障部等政府部门，以及一些专门从事心理咨询师培训和考核的机构，这些部门和机构共同负责实施心理咨询师证书的发放工作，确保心理咨询师的专业素质和职业道德，为社会提供专业、高效的心理咨询服务。