康复理疗师证办理机构主要负责康复理疗师的培训、考核和证书颁发工作，在中国，康复理疗师证办理机构通常由以下几个部门负责：

1、卫生健康委员会：卫生健康委员会是国家级卫生行政部门，负责制定和实施康复医学的政策、法规和标准，在康复理疗师证办理过程中，卫生健康委员会会对培训机构进行资质审查，确保其具备相应的教学条件和师资力量。

2、人力资源和社会保障部：人力资源和社会保障部负责全国职业技能鉴定工作的组织和管理，康复理疗师证办理过程中，人力资源和社会保障部会组织相关专家对学员进行理论知识和操作技能的考核，确保学员具备康复理疗师的专业素养。

3、国家中医药管理局：国家中医药管理局是中国中医药事业的管理机构，负责中医药政策的制定和实施，在康复理疗师证办理过程中，国家中医药管理局会对康复理疗师的专业技能进行认证，确保其具备中医药康复治疗的能力。

4、地方卫生健康委员会：各级地方卫生健康委员会在中央政府的领导下，负责本行政区域内的康复理疗师管理工作，在康复理疗师证办理过程中，地方卫生健康委员会会对本地培训机构进行监管，确保其合规经营。

5、社会组织和行业协会：康复理疗师证办理过程中，一些社会组织和行业协会也会参与其中，中国康复医学会、中国残疾人联合会等组织会协助卫生健康委员会等部门开展康复理疗师的培训和考核工作。

6、培训机构：康复理疗师证办理过程中，各类培训机构承担着培训和教学任务，这些培训机构需要具备一定的资质和教学条件，以便为学员提供专业的康复理疗师培训。

7、考试中心：考试中心是负责康复理疗师证书颁发的机构，在康复理疗师证办理过程中，考试中心会对学员进行统一的理论和操作技能考试，确保学员具备康复理疗师的专业水平。

8、证书发放机构：证书发放机构主要负责将合格学员的信息录入全国职业资格证书查询系统，并制作、颁发康复理疗师证书，在康复理疗师证办理过程中，证书发放机构会对学员进行资格审核，确保其具备领取证书的条件。

康复理疗师证办理涉及到多个部门的协同合作，包括卫生健康委员会、人力资源和社会保障部、国家中医药管理局等，这些部门共同负责康复理疗师的培训、考核、证书颁发等工作，确保康复理疗师能够为患者提供专业、高效的康复治疗服务。