心理咨询师证书发证机关是指负责颁发心理咨询师专业资格证书的政府部门或机构，在中国，心理咨询师证书发证机关主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会共同承担，还有部分高校和培训机构也具有心理咨询师证书的发放资格。

国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门，主要负责全国卫生健康工作的规划、政策制定、监督指导等，在心理咨询领域，国家卫生健康委员会制定了《中华人民共和国心理健康法》等一系列法律法规，对心理咨询行业进行规范和管理，国家卫生健康委员会还设立了专门的心理健康教育与咨询中心，负责组织和协调全国范围内的心理健康工作。

各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会则是在国家卫生健康委员会的指导下，负责本行政区域内的心理健康工作，这些委员会根据国家卫生健康委员会的政策法规，制定本地区的心理咨询师培训、考试和发证的具体细则，在这些地区，想要获得心理咨询师证书的人需要参加由卫生健康委员会指定的培训机构组织的培训课程，并通过相应的考试，最后由卫生健康委员会颁发资格证书。

除了政府部门外，一些高校和培训机构也具有心理咨询师证书的发放资格，这些机构通常会与政府部门合作，共同开展心理咨询师的培训和考试工作，在这些机构获得证书的人，其证书上通常会注明发证单位为某高校或培训机构，但实际上仍然是由政府部门负责监管和发放。

心理咨询师证书发证机关主要由国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会共同承担，部分高校和培训机构也具有心理咨询师证书的发放资格，在选择心理咨询师培训和考试机构时，建议考生关注发证单位的资质和声誉，以确保所获得的证书具有较高的权威性和认可度。