中医针灸理疗师证书的发放部门有很多，其中包括卫生部、国家中医药管理局、各省市卫生局等，不同部门的证书在一定程度上会有所不同，但是都是经过严格考核和认证的，如果您想成为一名合格的中医针灸理疗师，建议您选择正规的培训机构进行学习，并通过相关部门的考核获得证书。
以下是一些可能有用的信息：
1、卫生部颁发的《中华人民共和国职业资格证书》是国家承认的最高职业技能等级证书之一，也是中医针灸理疗师必须具备的证书之一，该证书由卫生部职业技能鉴定中心负责发放和管理。
2、国家中医药管理局也颁发了相应的职业资格证书，包括《中华人民共和国中医执业医师资格证书》、《中华人民共和国中医执业助理医师资格证书》等，这些证书也是从事中医针灸工作的必备条件之一。
3、各省级卫生行政部门也会根据实际情况制定相应的考核标准和程序，对申请人员进行审核和培训，并颁发相应的职业资格证书，广东省卫生健康委员会就制定了《广东省中医针灸师职业技能鉴定实施方案》，明确了鉴定内容、方式、时间等方面的要求。
4、还有一些非官方机构也提供中医针灸理疗师证书培训和考试服务，但需要注意的是这些机构的证书可能没有得到官方认可，使用时需要谨慎。