心理咨询师证书是由多个机构和组织颁发的，包括但不限于以下几种：
1、国家人力资源和社会保障部：国家人力资源和社会保障部是中华人民共和国政府的职能部门，负责制定和实施国家职业资格证书制度，根据《国家职业资格证书制度实施办法》，国家人力资源和社会保障部负责对心理咨询师进行认证和颁发证书。
2、中国心理学会：中国心理学会(China Psychological Association,简称CPA)是中国心理学界的权威组织，成立于1953年，根据《中国心理学会心理咨询师职业能力评价标准》，中国心理学会负责对心理咨询师进行专业能力评价，并颁发相应的证书。
3、各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局):各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局)在国家人力资源和社会保障部的指导下，负责本地区心理咨询师职业资格认证工作，各地根据《国家职业资格证书制度实施办法》和《中国心理学会心理咨询师职业能力评价标准》，对申请者进行资格审查、职业技能测试和综合评价，合格者颁发心理咨询师证书。
4、国际心理治疗师联合会(International Federation of Psychotherapy Therapists,简称IFPT):国际心理治疗师联合会是一个国际性的专业组织，旨在推动心理治疗事业的发展，IFPT将心理咨询师分为不同级别，如初级咨询师、中级咨询师、高级咨询师等，通过参加IFPT组织的培训课程和考试，学员可以获得相应级别的心理咨询师证书。
5、其他专业培训机构：除了以上几个主要的颁发机构外，还有一些专业的心理咨询培训机构也会颁发心理咨询师证书，这些机构通常会与上述机构合作，共同开展心理咨询师的培训和认证工作。
心理咨询师证书的颁发机构有很多，包括国家级政府部门、专业学术组织以及各大培训机构等，不同的颁发机构可能有不同的认证标准和流程，但最终都是为了确保心理咨询师具备一定的专业知识和技能，能够为社会提供高质量的心理健康服务。