在中国，中医针灸师证书的颁发主要由两个部门负责：国家中医药管理局和人力资源和社会保障部，这两个部门都是国家级的政府部门，具有很高的权威性，在选择哪个部门颁发的证书更好时，需要考虑以下几个因素：

1、专业性：国家中医药管理局是专门负责中医药事业的政府部门，其颁发的证书具有很高的专业性，而人力资源和社会保障部则是一个更广泛的政府部门，其颁发的证书可能涉及更多的领域，如果你希望成为一名专业的中医针灸师，那么国家中医药管理局颁发的证书可能更适合你。

2、认可度：在选择哪个部门颁发的证书时，还需要考虑其认可度，国家中医药管理局颁发的证书在行业内的认可度较高，而人力资源和社会保障部颁发的证书则可能在一些地方或行业的认可度较低，如果你希望在行业内找到一份工作，那么国家中医药管理局颁发的证书可能更有优势。

3、培训课程：在选择哪个部门颁发的证书时，还需要考虑其培训课程的质量，国家中医药管理局颁发的证书所对应的培训课程会更加严谨、系统，而人力资源和社会保障部颁发的证书所对应的培训课程可能会更加灵活、多样，如果你希望接受更高质量的培训，那么国家中医药管理局颁发的证书可能更适合你。

4、考试难度：在选择哪个部门颁发的证书时，还需要考虑其考试难度，国家中医药管理局颁发的证书考试会更加严格、复杂，而人力资源和社会保障部颁发的证书考试可能会相对简单一些，如果你希望通过更难的考试来证明自己的实力，那么国家中医药管理局颁发的证书可能更适合你。

5、证书种类：在选择哪个部门颁发的证书时，还需要考虑其证书种类，目前，国家中医药管理局和人力资源和社会保障部都设有中医针灸师职业资格证书，这两种证书的主要区别在于其培训课程和考试内容有所不同，在选择哪个部门颁发的证书时，可以根据自己的需求和兴趣来决定。

在选择中医针灸师证哪个部门颁发的正规证书好一些时，需要综合考虑以上几个因素，无论你选择国家中医药管理局还是人力资源和社会保障部颁发的证书，只要能够真正提高自己的专业技能和素质，都是值得尊敬和学习的，也要注意在学习和实践过程中，不断提高自己的综合素质，为患者提供更好的服务。