在中国，按摩师证是由多个部门颁发的，包括人力资源和社会保障部、国家卫生健康委员会、国家中医药管理局等，这些部门的按摩师证都是经过严格审核和培训的，具有一定的权威性和可信度，哪个部门颁发的按摩师证比较好，这个问题并不好回答，因为这取决于你的具体需求和目标。

如果你想在医疗机构从事按摩工作，那么最好选择由人力资源和社会保障部颁发的证书，这个证书是国家职业资格证书，具有很高的权威性，可以在全国范围内通用，而且，持有这个证书的人员还需要参加一定的培训和考试，所以技能水平相对较高。

如果你想在商业场所或者自己开店从事按摩工作，那么可以选择由国家卫生健康委员会颁发的证书，这个证书主要是针对保健按摩和足疗等方面的技能，适合于非医疗性质的工作，虽然这个证书的权威性不如人力资源和社会保障部的证书，但是它的培训内容更加实用，更符合商业场所的需求。

如果你对中医按摩有浓厚的兴趣，并且想要深入学习和发展，那么可以选择由国家中医药管理局颁发的证书，这个证书主要是针对中医按摩方面的知识和技能，包括经络穴位、推拿手法等内容，持有这个证书的人员需要具备一定的中医基础知识和技能，所以对于初学者来说可能会有一定的难度。

哪个部门颁发的按摩师证比较好并没有一个固定的答案，需要根据你的具体需求和目标来选择，无论你选择哪个部门颁发的证书，都需要确保它是经过严格审核和培训的，具有一定的权威性和可信度，你也可以通过自学、实践等方式来提高自己的按摩技能，以便更好地适应不同的工作环境和需求。