中医针灸师证办理机构主要分布在全国各地，包括各省、直辖市、自治区的中医药管理部门、中医药院校、培训机构等，以下是一些主要的办理机构：

1、国家中医药管理局

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属的一个部门，负责全国中医药事业的管理和监督，在国家中医药管理局下设多个司局，其中包括职业技能鉴定司，负责全国中医药职业技能鉴定工作，在国家中医药管理局下属的各级中医药管理部门，可以办理中医针灸师证书。

2、各省、直辖市、自治区中医药管理部门

各省、直辖市、自治区的中医药管理部门负责本行政区域内的中医药管理工作，包括中医药人才培训、职业技能鉴定等工作，在这些部门下属的中医药考试中心或职业技能鉴定中心，可以办理中医针灸师证书，具体的办理流程和所需材料可能因地区而异，建议咨询当地中医药管理部门。

3、中医药院校

中国的中医药院校在培养中医药人才方面具有悠久的历史和丰富的经验，许多中医药院校设有专门的中医药学院或继续教育学院，负责开展中医药相关的教育培训工作，在这些院校的相关部门，可以报名参加中医针灸师的培训和考试。

4、培训机构

除了以上正规的办理机构外，还有一些专业的培训机构提供中医针灸师证书的办理服务，这些培训机构通常具有一定的资质和经验，能够为学员提供系统的培训课程和实践操作机会，在选择培训机构时，要注意查看其资质和师资力量，确保培训质量。

5、其他相关机构

还有一些与中医针灸师相关的机构也提供证书办理服务，如中药材种植基地、中药生产企业等，这些机构的证书可能在某些领域具有一定的权威性，但在跨行业或国际交流时可能需要进一步核实。

办理中医针灸师证的主要机构包括国家中医药管理局及其下属的各级中医药管理部门、各省、直辖市、自治区的中医药管理部门、中医药院校、培训机构等，在选择办理机构时，要综合考虑机构的资质、师资力量、培训质量等因素，确保所获得的证书具有较高的权威性和实用性，还要注意了解相关政策和法规，确保自己的权益不受侵害。