按摩师证的颁发部门有很多，不同的部门颁发的证书在法律效力、行业认可度上都有所不同，在中国，目前主要的按摩师证颁发部门有人力资源和社会保障部、国家卫生健康委员会、中国民间中医医药研究开发协会等，这些部门颁发的证书都是经过国家相关部门审核批准的，具有一定的权威性，哪个部门颁发的证书更好一点，需要根据个人的实际情况来判断。
如果您想要从事正规的按摩行业，建议您选择人力资源和社会保障部或国家卫生健康委员会颁发的证书，这两个部门颁发的证书在行业内的认可度较高，可以让您在求职时更具竞争力，这两个部门颁发的证书也更加规范，能够更好地保障您的权益。
如果您只是想学习一些简单的按摩技巧，或者只是为了自己和家人朋友使用，那么您可以选择中国民间中医医药研究开发协会颁发的证书，这个组织的证书虽然在行业内的认可度相对较低，但是学习起来比较容易，而且费用也相对较低。
不同部门颁发的按摩师证书各有优缺点，您需要根据自己的实际情况来选择适合自己的证书，希望我的回答对您有所帮助！