二级心理咨询师证书考试主要分为三个科目：基础知识、专业技能和综合评审(论文答辩)，基础知识包括心理学、教育学、医学等方面的知识；专业技能包括心理咨询的基本技能、咨询方法、咨询技巧等；综合评审则是对考生的综合素质进行考核，包括论文答辩等环节。