心理咨询师证书发证权威机构主要由以下几个部门负责：
1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中国政府部门，国家卫生健康委员会负责制定和发布心理咨询行业的政策法规，对心理咨询行业进行监管和管理，在中国，获得心理咨询师资格证书是从事心理咨询工作的基本要求，由国家卫生健康委员会授权的单位或个人进行颁发。
2、中国心理卫生协会(Chinese Psychological Association,简称CPA):是中国心理咨询行业的全国性组织，成立于1953年，中国心理卫生协会负责组织和协调心理咨询行业的各项工作，包括制定行业标准、开展职业培训、组织学术研究等，中国心理卫生协会还负责对心理咨询师的资质进行审核和认证，确保心理咨询师具备相应的专业知识和技能。
3、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：在国家卫生健康委员会的指导下，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责本地区的心理咨询行业管理工作，各级卫生健康委员会会同相关部门，制定本地区的心理咨询师培训和考试政策，组织开展心理咨询师的资质审核和认证工作。
4、人力资源和社会保障部：人力资源和社会保障部负责制定和实施国家职业资格证书制度，对从事心理咨询工作的人员进行职业资格认定，在中国，心理咨询师证书是由人力资源和社会保障部授权的单位或个人进行颁发的。
5、各地职业技能鉴定中心：各地职业技能鉴定中心是人力资源和社会保障部设立的职业技能鉴定机构，负责组织实施心理咨询师职业技能鉴定工作，通过职业技能鉴定，可以对心理咨询师的专业知识和技能进行客观、公正的评价，为心理咨询师的职业发展提供依据。
6、各大高校和培训机构：为了满足社会对心理咨询师的需求，各大高校和培训机构纷纷开设心理咨询相关专业和课程，培养具有专业素养的心理咨询师，这些高校和培训机构在完成教学任务后，可以向国家卫生健康委员会申请颁发心理咨询师资格证书。
心理咨询师证书发证权威机构主要由国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、人力资源和社会保障部以及各地职业技能鉴定中心等部门共同负责，这些部门各司其职，共同维护心理咨询行业的健康发展，为广大人民群众提供优质的心理咨询服务。