中医针灸师证办理机构备案的具体要求和流程可能因地区而异，但一般来说，需要在以下几个地方进行备案：

1、所在省级中医药管理部门：首先需要向所在省级中医药管理部门提交申请，提交的材料包括个人身份证明、学历证明、职业资格证书等，省级中医药管理部门会对申请材料进行审核，符合条件的申请人将获得备案资格。

2、所在市级中医药管理部门：在获得省级中医药管理部门的备案资格后，还需要向所在市级中医药管理部门进行备案，同样需要提交相关材料，包括个人身份证明、学历证明、职业资格证书等，市级中医药管理部门会对申请材料进行审核，符合条件的申请人将获得备案资格。

3、所在区县中医药管理部门：在获得省级和市级中医药管理部门的备案资格后，还需要向所在区县中医药管理部门进行备案，同样需要提交相关材料，包括个人身份证明、学历证明、职业资格证书等，区县中医药管理部门会对申请材料进行审核，符合条件的申请人将获得备案资格。

4、行业监管部门：除了以上三个地方需要进行备案外，还需要向行业监管部门进行备案，行业监管部门会对申请材料进行审核，符合条件的申请人将获得备案资格。

需要注意的是，不同地区的备案要求可能会有所不同，具体要求还需以当地相关部门的规定为准，备案后的中医针灸师证有效期一般为5年，到期后需要重新进行备案和审验。

中医针灸师证办理机构备案是一个比较严格的程序，需要经过多个部门的审核和批准，只有通过严格的备案程序，才能获得合法的中医针灸师证，有意向从事中医针灸工作的人员在办理证书时一定要注意了解当地的备案要求和流程，按照规定完成各项手续，也要注意提高自己的专业水平和服务能力，以便更好地为广大患者提供优质的中医针灸服务。