健康管理师证发证机关是指负责管理和监督健康管理师职业资格认证的政府部门或机构，在中国，健康管理师证发证机关主要由国家卫生健康委员会(简称国家卫健委)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(简称省级卫健委)共同负责，还有一些行业协会和专业机构也参与到健康管理师证的发放和管理工作中。
国家卫生健康委员会作为中国卫生健康事业的主管部门，负责制定和实施全国卫生健康政策、法规和标准，对全国卫生健康工作进行指导、监督和检查，国家卫健委下设的健康教育中心、卫生发展研究中心等部门，负责组织开展健康管理师培训、考试和证书颁发工作。
省级卫生健康委员会在国家卫健委的指导下，负责本省行政区域内的卫生健康工作，包括健康管理师职业资格认证的管理工作，省级卫健委下设的卫生健康监督所、疾病预防控制中心等部门，负责对本省健康管理师培训机构的资质审查、培训课程和教材的审定以及考试工作的组织和实施。
一些行业协会和专业机构也在健康管理师证发证工作中发挥着重要作用，中国健康促进会、中国保健协会等组织，通过与国家卫健委、省级卫健委等部门合作，共同推动健康管理师职业资格认证工作的规范化、标准化和专业化。
在健康管理师证发证过程中，各发证机关都要求申请人具备一定的条件，如具有相关专业学历背景、工作经验等，发证机关还会对培训机构进行资质审查，确保培训质量，在考试环节，采用笔试和面试相结合的方式，全面评估申请人的专业素养、实践能力和综合素质，考试合格者，由发证机关颁发健康管理师职业资格证书。
随着人们对健康的重视程度不断提高，健康管理师这一职业逐渐受到广泛关注，健康管理师证发证机关的存在，有力地保障了健康管理师职业资格认证的专业性和权威性，为我国健康产业的发展提供了人才支持，这也有助于提高广大人民群众的健康素养，推动全民健康事业的进步。