按摩理疗师证的办理部门和流程可能因地区而异，但通常可以在以下几个部门进行办理：
1、人力资源和社会保障局(简称人社局):这是最常见的办理部门，大部分地区的人社局都会提供按摩理疗师证的培训和考试，在人社局办理按摩理疗师证的优势是流程较为简单，考试通过后即可获得证书，人社局的培训课程质量参差不齐，需要考生自己选择合适的培训机构。
2、卫生健康委员会(简称卫健委):部分地区的卫健委也会提供按摩理疗师证的培训和考试，在卫健委办理按摩理疗师证的优势是培训课程较为专业，教学质量较高，卫健委的办理流程相对较为复杂，需要考生具备一定的医学知识和技能。
3、职业技能鉴定中心：一些地区的职业技能鉴定中心也会提供按摩理疗师证的培训和考试，在职业技能鉴定中心办理按摩理疗师证的优势是流程简单，考试通过后即可获得证书，职业技能鉴定中心的培训课程质量可能不如人社局和卫健委，需要考生自己权衡利弊。
4、民办职业培训机构：部分民办职业培训机构也会提供按摩理疗师证的培训和考试，在民办职业培训机构办理按摩理疗师证的优势是培训课程灵活多样，可以根据考生的需求进行定制，民办职业培训机构的教学质量参差不齐，需要考生仔细挑选。
5、在线教育平台：随着互联网的发展，一些在线教育平台也提供了按摩理疗师证的培训和考试，在在线教育平台办理按摩理疗师证的优势是学习时间和地点更加自由，可以随时随地进行学习，在线教育平台的教学质量难以保证，需要考生自己甄别。
6、其他相关部门：还有一些其他相关部门也可能提供按摩理疗师证的办理服务，如体育局、文化馆等，这些部门的办理流程和要求可能与上述部门有所不同，需要考生具体咨询当地的相关部门。
办理按摩理疗师证的部门有很多，考生可以根据自己的实际情况和需求选择合适的部门进行办理，在选择办理部门时，建议考生充分了解各个部门的培训课程、教学质量、考试难度等方面的信息，以便做出明智的选择，考生还需要注意的是，按摩理疗师证的有效期和相关法律法规可能会因地区而异，具体情况需要考生咨询当地的相关部门。