中医针灸师证办理机构主要是指负责中医针灸师资格认证的政府部门、行业协会和培训机构，在中国，中医针灸师证的审批和管理主要由国家卫生健康委员会、各省市卫生健康委员会、中医药管理部门和相关行业协会负责，以下是一些主要的中医针灸师证办理机构：

1、国家卫生健康委员会：作为国务院组成部门之一，国家卫生健康委员会负责全国卫生和健康工作的领导和管理，在中医针灸师证的审批和管理方面，国家卫生健康委员会会制定相关政策和规定，对申请中医针灸师证的人员进行资格审核和培训指导。

2、各省市卫生健康委员会：各省市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的领导下，负责本行政区域内的卫生和健康工作，各地卫生健康委员会会对本地区申请中医针灸师证的人员进行资格审核和培训指导，并将合格人员名单报送国家卫生健康委员会备案。

3、中医药管理部门：中医药管理部门主要负责中医药的监督管理工作，包括中医针灸师资格认证、中医药教育和科研等工作，中医药管理部门会制定中医针灸师资格认证的具体标准和程序，对申请中医针灸师证的人员进行资格审核和培训指导。

4、相关行业协会：如中国中医研究院、中华中医药学会等，这些行业协会在国家卫生健康委员会、各省市卫生健康委员会和中医药管理部门的指导下，负责组织中医针灸师的培训和考核工作，对申请中医针灸师证的人员进行资格审核和培训指导。

5、培训机构：市场上有很多专门从事中医针灸师培训的机构，如中医药大学、中医药职业学院等，这些培训机构会根据国家卫生健康委员会、各省市卫生健康委员会和中医药管理部门的要求，开展中医针灸师的培训课程，帮助学员通过考试获得中医针灸师证。

6、其他相关部门：如人力资源和社会保障部、国家职业资格证书查询网站等，这些部门在中医针灸师证的审批和管理过程中起到协助和监督的作用，为申请人提供证书查询、信息反馈等服务。

中医针灸师证办理机构涉及多个部门和机构，共同构成了一个完整的审批和管理体系，在申请中医针灸师证时，申请人需要了解各个部门和机构的职责和要求，按照规定的程序和标准进行申请和培训，选择正规的培训机构和有资质的考官也是非常重要的，以确保所获得的证书具有权威性和可信度。