中医针灸师证书的颁发机构有很多，其中包括国家中医药管理局、各省市中医药管理局、中医药学会等，[1]

国家中医药管理局是全国中医药行业的主管部门，负责制定和实施中医药行业发展规划、政策、标准和技术规范，对全国中医药行业进行指导和管理，[2]

各省市中医药管理局则是各省级政府下设的部门，负责本行政区域内的中医药管理工作，包括中医针灸师证书的颁发，[3]

中医药学会是由中医药行业专家、学者自愿组成的学术性团体，旨在推动中医药事业的发展和进步，[4]

还有一些专门从事中医针灸师培训和考核的机构，如中国中医科学院针灸研究所、北京中医药大学东方医院等，也会颁发中医针灸师证书，[5]