健康管理师证是2005年10月劳动和社会保障部第四批正式发布的11个新职业之一，2005年12月，劳动和社会保障部425号文件《关于同意将医疗救护员等2个新职业纳入卫生行业特有职业范围的函》将健康管理师列为卫生行业特有职业(工种)归入原卫生部进行管理，国家卫生健康委人才交流服务中心负责该职业的职业技能鉴定相关工作 。

自2018年4月起，卫计委(现改为“卫健委”)统一组织全国考试，现在证书分为两种，一种是人社部+卫建委发的证书(红色封面，俗称“红证”),一种是由人社部教培中心发的证书(蓝色封面，俗称“蓝证”) 。