运动康复师证发证机构主要分为两类：政府部门和行业协会，政府部门颁发的证书通常具有较高的权威性，而行业协会颁发的证书则更注重行业的专业性和实践性，以下是一些主要的运动康复师证发证机构及其发证部门：

1、国家体育总局

国家体育总局作为中国政府部门的最高体育管理机构，对全国范围内的体育事业进行统一管理和监督，国家体育总局下属的运动员医疗保障中心负责运动康复师的培训、考核和发证工作，持有国家体育总局颁发的运动康复师证书的人员，在全国范围内具有较高的认可度和权威性。

2、各省市体育局

除了国家体育总局外，各省、市、自治区也设有体育局，负责本行政区域内的体育管理工作，部分省市体育局也会设立运动康复师培训和考核机构，对当地从事运动康复工作的人员进行培训和发证，这些地方性运动康复师证书在一定程度上也具有一定的权威性和认可度。

3、中国医师协会

中国医师协会是中国医学界的行业组织，负责对医生的职业资格进行认证和管理，中国医师协会下设的运动医学专业委员会负责运动康复师的培训、考核和发证工作，持有中国医师协会颁发的运动康复师证书的人员，在医学界具有较高的认可度和权威性。

4、世界卫生组织

世界卫生组织是联合国系统内负责全球公共卫生事务的专门机构，世界卫生组织下属的世界卫生组织健康促进与健康教育中心(WHO-CPH)负责运动康复领域的研究和标准制定工作，部分国家的卫生部门会参考WHO的标准和建议，对当地的运动康复师进行培训和考核，并颁发相应的证书。

5、国际物理治疗与康复学会(International Physical Therapy and Rehabilitation Association,IPTA)

IPTA是国际性的物理治疗与康复专业组织，其会员遍布全球各地，IPTA下设的运动康复师认证委员会负责运动康复师的认证工作，通过IPTA认证的运动康复师证书在全球范围内具有较高的认可度和权威性。

6、各大医学院或体育学院

许多国内外知名的医学院或体育学院都设有运动康复相关专业，并开展运动康复师的培训和考核工作，这些院校颁发的运动康复师证书在一定程度上体现了学校的专业水平和教学质量，但在全球范围内的认可度和权威性相对较低。

运动康复师证发证机构主要包括政府部门、行业协会、医学院或体育学院等，不同类型的证书在不同的领域和地区具有不同的权威性和认可度，在选择运动康复师证书时，建议综合考虑各方面因素，如发证机构的知名度、培训质量、专业性以及证书的实际应用价值等。