按摩师证的颁发部门有很多，不同的部门颁发的证书在法律效力和行业认可度上都有所不同，在中国，目前主要由以下几个部门颁发按摩师证：劳动和社会保障部、卫生部、国家中医药管理局等。

劳动和社会保障部颁发的按摩师证是目前最为常见的一种，该证书是国家职业技能鉴定的一种，具有较高的法律效力和行业认可度，持有该证书的人员可以在企事业单位、宾馆、酒店等场所从事按摩工作。

卫生部颁发的按摩师证主要是针对中医按摩领域的，该证书要求申请人具备一定的中医基础知识和技能，并且需要通过国家中医药管理局组织的考试才能获得，持有该证书的人员可以在中医诊所、医院等场所从事中医按摩工作。

国家中医药管理局颁发的按摩师证主要是针对传统医学领域的，该证书要求申请人具备一定的传统医学基础知识和技能，并且需要通过国家中医药管理局组织的考试才能获得，持有该证书的人员可以在中医诊所、医院等场所从事传统医学按摩工作。

不同部门颁发的按摩师证在法律效力和行业认可度上都有所不同，具体选择哪个部门颁发的证书需要根据自己的职业规划和发展方向来决定，无论选择哪个部门颁发的证书，都需要认真备考并通过相应的考试才能获得有效的资格证书。