营养师证书考试的科目包括：公共营养师(基础知识)、公共营养师(国家职业资格四级)、公共营养师(国家职业资格三级)、中国居民膳食指南(2016)等，这些科目涵盖了医学基础、营养素基础、食物营养、食品安全、公共营养、人群营养、营养调查与评价、食谱编制与膳食管理、膳食营养与疾病、营养教育与健康促进以及相关法律法规等。