心理咨询师证书的颁发机构通常是由各国政府或专业组织设立的，这些机构会对申请者进行严格的资格审核，确保其具备足够的专业知识和技能，在中国，心理咨询师证书主要由以下几个部门颁发：
1、中国心理卫生协会(CPA)
中国心理卫生协会是一个全国性的专业组织，成立于1953年，该协会负责组织和推动我国心理卫生事业的发展，为广大心理卫生工作者提供专业支持和服务，中国心理卫生协会设有心理咨询师培训中心，负责组织和管理心理咨询师的培训和考试工作，通过参加培训并通过考试的人员，可以获得中国心理卫生协会颁发的心理咨询师资格证书。
2、各省、直辖市、自治区心理咨询师培训中心
各省、直辖市、自治区心理卫生协会设有心理咨询师培训中心，负责在本地区组织和开展心理咨询师培训工作，学员在完成培训课程并通过考试后，可以获得当地心理卫生协会颁发的心理咨询师资格证书，这些证书在全国范围内具有同等效力。
3、国际认证机构
随着全球化的发展，越来越多的国家和地区开始承认和使用国际通用的心理咨询师资格证书，美国心理学会(APA)颁发的咨询心理学家(CPC)证书，以及加拿大临床心理学家协会(CCP)颁发的临床心理学家证书等，这些证书需要经过严格的资格审核，并通过相关的考试才能获得，在国际市场上，这些证书通常具有较高的认可度和竞争力。
心理咨询师证书的颁发机构通常包括国家级和地方级的心理卫生协会、各省、直辖市、自治区的心理咨询师培训中心，以及国际认证机构等，还有一些非正式的培训机构和个人也会声称颁发心理咨询师证书，因此在选择培训机构时，考生务必要仔细核实其资质和信誉。