在中国，中医针灸师证书的颁发主要由卫生部、国家中医药管理局等部门负责，这些部门都是经过国务院批准设立的，具有权威性，国家中医药管理局是全国性的中医药行政管理机构，负责制定和实施中医药政策、法规，对中医药行业进行监督管理，从权威性和专业性角度来看，国家中医药管理局颁发的中医针灸师证书更值得信赖。

在选择中医针灸师证书时，可以从以下几个方面进行考虑：

1、证书的颁发部门：如前所述，国家中医药管理局是颁发中医针灸师证书的主要部门，在选择时，应尽量选择这个部门颁发的证书，以确保证书的专业性和权威性。

2、证书的级别：中医针灸师证书分为初级、中级和高级三个级别，初级证书主要针对初学者和从事基础工作的人员；中级证书适合有一定经验和技能的人员；高级证书则适合在某一领域有较高造诣的专家，根据自己的实际情况和需求，选择合适的证书级别。

3、课程设置：好的中医针灸师证书应该具备系统的课程设置，涵盖中医基础理论、针灸技术、经络学说等内容，在选择证书时，可以了解各个部门颁发的证书课程设置是否完善，是否符合自己的学习需求。

4、师资力量：一个好的中医针灸师证书，其师资力量应该是雄厚的，可以查看各个部门颁发的证书所依托的培训机构，了解其师资队伍的情况，如教师的学历、资历、实践经验等。

5、培训质量：在选择中医针灸师证书时，还可以参考往届学员的评价和反馈，了解培训质量如何，可以咨询已经获得该证书的人员，了解他们的学习体验和实际应用情况。

6、社会认可度：一个好的中医针灸师证书，应该得到社会的广泛认可，可以查看各个部门颁发的证书在行业内的知名度和影响力，以及相关企业和机构是否承认该证书。

在选择中医针灸师证书时，应该综合考虑颁发部门、证书级别、课程设置、师资力量、培训质量和社会认可度等因素，选择最适合自己的证书，还要注意辨别证书的真伪，避免上当受骗，希望以上内容对您有所帮助。