能量疗愈师证书是由多个机构发放的，其中包括美国ACE健康专业人员协会、英国皇家医学会、澳大利亚皇家精神医学会等国际知名机构，目前主要有以下几个机构发放能量疗愈师证书：

1、中国健康促进基金会：该基金会是中国卫生部主管的健康类非营利性社会组织，负责颁发能量疗愈师证书，该证书分为三个级别：初级、中级和高级，分别对应不同的能量疗愈技能和知识水平。

2、中国中医药学会：该学会是中国中医药行业的全国性学术组织，负责组织和管理能量疗愈相关的学术活动和培训项目，通过参加该学会组织的培训和考试，学员可以获得能量疗愈师证书。

3、中国民间中医药研究会：该研究会是一个致力于推广和发展民间中医药事业的社会团体，也提供能量疗愈师证书的培训和考试服务。

需要注意的是，不同的机构颁发的能量疗愈师证书可能存在一定的差异，具体以相关机构的规定为准，由于能量疗愈作为一种相对较新的疗法，其理论和实践仍存在争议和不确定性，因此在选择从事能量疗愈相关工作时需要谨慎考虑。