家庭教育指导师证书是一种专业资格证书，旨在规范家庭教育指导师的职业行为，提高家庭教育水平，有多个机构和部门对家庭教育指导师证书进行认可，以下是一些主要的机构：

1、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会是一个专业性、学术性和群众性相结合的全国性社会团体，其家庭教育指导师培训项目是对家庭教育指导师进行专业培训和认证的重要机构，通过该协会认证的家庭教育指导师证书具有较高的权威性和认可度。

2、中国关心下一代工作委员会：中国关心下一代工作委员会是一个全国性的非营利性社会组织，致力于推动家庭教育事业的发展，该委员会开展的家庭教育指导师培训项目，对家庭教育指导师的专业素质和能力进行全面考核和认证，颁发的家庭教育指导师证书具有较高的权威性。

3、中国青少年研究中心：中国青少年研究中心是一个专门从事青少年研究的学术机构，其家庭教育指导师培训项目旨在培养具有专业素养和实践能力的家庭教育指导师，通过该中心认证的家庭教育指导师证书在业界具有较高的认可度。

4、中国儿童少年基金会：中国儿童少年基金会是一个致力于改善儿童少年生活和发展的公益组织，其家庭教育指导师培训项目对家庭教育指导师的专业能力和素质进行严格把关，颁发的家庭教育指导师证书具有较高的权威性。

5、各省市教育局：各省市教育局下属的教育培训机构或者成人教育机构，也会开展家庭教育指导师培训项目，对学员进行专业培训和考核，通过这些机构认证的家庭教育指导师证书在地方具有一定的认可度。

6、其他相关行业协会和组织：如全国妇联、全国工商联等，也会开展家庭教育指导师培训项目，对家庭教育指导师进行专业培训和认证，通过这些协会和组织的认证，家庭教育指导师证书具有一定的权威性和认可度。

在中国，家庭教育指导师证书的认可主要来自于政府部门、专业学术机构和公益组织开展的专业培训和认证，获得这些机构认可的家庭教育指导师证书，意味着具备了一定的专业素质和能力，能够为家庭提供科学、有效的家庭教育指导服务。