家庭教育指导师的证书发放主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和人力资源和社会保障部共同负责，这两个部门联合发布了《关于加强家庭教育指导服务工作的通知》，明确了家庭教育指导师的职业地位和职责，根据通知，家庭教育指导师是指在家庭教育领域具有专业知识和技能，能够为家庭提供科学、合理、有效的教育指导和服务的专业人员。

要成为一名合格的家庭教育指导师，首先需要具备一定的教育背景和心理学知识，拥有本科及以上学历的人才可以报考家庭教育指导师的培训课程，在完成培训课程后，学员需要参加由相关部门组织的考试，通过考试后才能获得家庭教育指导师的资格证书。

家庭教育指导师可以在多个部门发证书，具体包括：

1、卫生健康委员会：卫生健康委员会是负责制定和实施家庭教育政策的主要部门，在这里获得的家庭教育指导师证书具有很高的权威性。

2、人力资源和社会保障部：人力资源和社会保障部负责管理全国范围内的职业技能培训和认证工作，在这里获得的家庭教育指导师证书同样具有很高的权威性。

3、其他相关机构：除了卫生健康委员会和人力资源和社会保障部，还有一些专门从事家庭教育指导师培训的机构，如中国家庭教育协会等，在这些机构获得的家庭教育指导师证书也是非常有价值的。

家庭教育指导师的证书可以在多个部门发放，但最具有权威性的还是由卫生健康委员会和人力资源和社会保障部共同颁发的证书，在选择培训机构时，建议考生选择这些部门认可的机构，以确保所获得的证书具有较高的价值。