1、权威性：不同部门颁发的家庭教育指导师证书，其权威性和认可度有所不同，由国家教育部门或相关部门颁发的家庭教育指导师证书具有较高的权威性和认可度，而地方性、行业性的家庭教育指导师证书则相对较低，在选择家庭教育指导师时，应尽量选择具有较高权威性和认可度的证书。

2、专业性：不同部门颁发的家庭教育指导师证书，其专业性也有所不同，由教育部门颁发的家庭教育指导师证书，通常要求申请人具备一定的教育学、心理学等专业知识背景；而由职业培训机构颁发的家庭教育指导师证书，则更注重实践操作能力和技能，在选择家庭教育指导师时，应根据自己的需求和实际情况，选择具有较高专业性的证书。

3、培训内容：不同部门颁发的家庭教育指导师证书，其培训内容也有所不同，由教育部门颁发的家庭教育指导师证书，其培训内容涵盖了家庭教育的基本理论、方法和实践技巧等方面；而由职业培训机构颁发的家庭教育指导师证书，则可能更注重实际操作技能的培训，在选择家庭教育指导师时，应根据自己的需求和实际情况，选择具有较全面培训内容的证书。

4、服务范围：不同部门颁发的家庭教育指导师证书，其服务范围也有所不同，由教育部门颁发的家庭教育指导师证书，其服务范围可能更广泛，包括学校、社区、家庭等多个层面；而由职业培训机构颁发的家庭教育指导师证书，则可能更侧重于个人或家庭的服务，在选择家庭教育指导师时，应根据自己的需求和实际情况，选择具有较广泛服务范围的证书。

5、费用差异：不同部门颁发的家庭教育指导师证书，其费用也存在一定差异，由国家教育部门或相关部门颁发的家庭教育指导师证书，其费用相对较低；而地方性、行业性的家庭教育指导师证书，则可能需要支付较高的费用，在选择家庭教育指导师时，应充分考虑自己的经济条件和需求，选择适合自己的证书。

在选择家庭教育指导师证书颁发部门时，应充分考虑其权威性、专业性、培训内容、服务范围以及费用等因素，以确保所获得的家庭教育指导师证书能够满足自己的需求和期望，还应注意识别各种虚假和误导性的家庭教育指导师证书，以免上当受骗。