20世纪70年代初期，靳老在海南从事脑型疟疾研究，同时也为附近的居民看病。当时海南岛有很多居民患有过敏性鼻炎。对于过敏性鼻炎的针灸治疗，按照以往教科书的编排，通过局部、远部、随证三种方法选穴，并采取一定的针刺手法，以补虚泻实，导气通经。由于当时穴位注射非常流行，靳老往往在针灸治疗后选迎香穴进行穴位注射。第一针注射具有抗过敏作用的维丁胶性钙，左右两侧各注射1ml，注射完以后，过敏症状即刻消失，70%以上的人都有效果。第二针是属于辅酶类的维生素B₁₂。第三针是具有营养神经作用的维生素B₁。经3次穴位注射后，整个过敏性鼻炎的症状基本就消失了，效果可以维持1个月。这是在当时历史背景下的中西医结合治疗方法。靳老用这个穴位注射的方法给当地群众治疗各类鼻炎，效果快捷，所以当地的老百姓称靳老为“三针医生”，当时的“三针”指的是穴位注射。另外一种说法，是说靳老当时治疗这样的疾病，只需三次就可以治好，所以昵称靳老“三针大夫”。后来有人就问靳老这是什么方法，靳老心想既然打三次穴位注射就有效，那就叫“鼻三针”好了，结果“三针”的名号就这样传开了，附近的患者都慕名来找他看病。由此可见，早期的“靳三针”主要是指人们对靳老针灸疗效神速的美誉。而“靳三针”针灸治疗体系的真正形成，是在80年代的中、后期。1987年，国家中医药管理局在总结新中国建国近40年以来的中医药学成就时，决定由靳瑞负责针灸部分的临床研究成果的总结工作，靳老将新中国成立以来最有代表性的针灸临床研究资料输入电脑进行了分析和总结，系统分析了全国各地临床医生的针灸取穴规律，并调阅了大量的相关文献，分析得出：针灸治疗每一种疾病时，都会有三个主要的穴位起重要作用，于是精选出用三个穴位为主方治疗疾病。以此为基础，作为临床常用的固定针灸配方，而渐成临床取穴的习惯，取穴不多且疗效满意。此后，靳老带领他的学生开始进行系统、深入的研究及反复的临床实践，“靳三针”体系开始逐渐形成。